Фамилия Емалтынов звучит непривычно для русского уха, но её происхождение укладывается в понятную логику. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Емалты (или Ямалты), которое состоит из двух частей: «емал» (от арабского «амаль» — надежда, ожидание) и тюркского суффикса «-ты», придающего значение обладания. Таким образом, имя Емалты переводится как «имеющий надежду» или «надеющийся». Фамилия образована по классической русской модели: к основе Емалтын- добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду («чей?» — сын Емалтына).

Интересна географическая привязка. Фамилия Емалтынов встречается почти исключительно в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это зона активного взаимодействия тюркских и славянских культур. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крещёных татар или башкир, которые получили фамилию при переходе в православие. В метрических книгах XIX века такие фамилии часто фиксировали у государственных крестьян и тептярей (сословие, близкое к башкирам).

С точки зрения словообразования, фамилия Емалтынов примечательна тем, что в ней сохранился редкий формант -тын-, который в русских фамилиях почти не встречается. Он типичен для тюркских имён на -ты (например, Тукта — Туктамыш, Ялты — Ялтынов). Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Емалтынов стоит в одном ряду с Емановым, Емашевым и Емалетдиновым — все они восходят к арабско-тюркскому корню «амаль», но через разные суффиксы.

В дореволюционных источниках встречается вариант написания «Ямалтынов» — через начальное «я», что точнее передаёт тюркское произношение. Однако в советское время закрепилась форма с «е» как более привычная для русской письменности. Таким образом, предки современных Емалтыновых — это люди, носившие имя-пожелание, и жившие на границе двух культурных миров.