Фамилия Емалтынова — редкая и звучная, её разговорная форма на -ов/-ев, а не на -ин, сразу указывает на то, что в основе лежит не имя, а прозвище или название. Исходная мужская форма — Емалтынов, и её корень — «Емалтын-» — не встречается в списках древнерусских имён. Скорее всего, это переосмысление тюркского прозвища. Сравните с фамилиями Емашев, Еманов, Емалетдинов — все они восходят к тюркским именам с корнем «ем-» (в значении «лекарство», «целитель») или «имам» (духовный лидер). В случае Емалтынова наиболее вероятна версия, что основа — «Емалты» (вариант имени Ямалты, где «ямал» — «богатство» или «сила» по-башкирски, а «ты» — суффикс принадлежности). Тогда фамилия буквально означает «принадлежащий к роду Емалты» — то есть потомок человека, носившего такое прозвище.

Суффикс -ов, а не -ин, в фамилиях тюркского происхождения — обычное дело: он прикреплялся к основе, оканчивающейся на согласный или гласный, без учёта тюркской грамматики. В русской среде такие фамилии фиксировались в XVI–XVII веках, когда служилые татары, башкиры и другие народы Поволжья переходили на русскую модель именования. Географически Емалтыновы — почти наверняка выходцы из Башкортостана, Татарстана или Оренбуржья. В современных справочниках фамилия встречается в основном в Челябинской области и Башкирии, что подтверждает её региональную привязку.

Интересная деталь: написание с буквой «ы» после «л» («Емалтынова») — не ошибка, а архаичная транслитерация тюркского твёрдого звука. В паспортах и метриках XIX века часто писали «Емалтыновъ», что закрепило именно такой вариант. Встречается и более редкая форма — «Ямалтынов», где «Я-» даёт более точную тюркскую огласовку (ср. Ямалетдинов). Таким образом, фамилия Емалтынова — живое свидетельство межэтнических контактов на Южном Урале и адаптации тюркского прозвища в русской фамильной системе.