Фамилия Еманакова хранит память о тюркском имени, которым нарекли предка. В основе лежит имя Еманак, восходящее к тюркскому слову «яман» — «злой, плохой». Уменьшительный суффикс –ак в этом имени придавал ему ласкательный оттенок. Исследователи ономастики сибирских татар относят имя Еман и его производные к охранительным именам: нарекая ребенка Еманаком, родители желали ему вырасти добрым человеком, словно оберегая от злых сил через противоположное значение. Так потомок человека по имени Еманак со временем получил фамилию Еманаков. Суффикс –ов указывает на принадлежность: «сын Еманака». Фамилия сохраняет память о древней тюркской традиции, где имя служило не описанием, а оберегом. Географически фамилия встречается в основном в регионах с тюркским населением, в частности у сибирских татар, что подтверждает её корни.