Фамилия Еманаковы происходит от мирского имени Еманак. В его основе лежит диалектное слово «еман», которое в сибирских говорах означало «козел». Давая ребёнку такое имя, родители надеялись, что природа будет воспринимать его как своего, а сам он перенял бы полезные качества этого животного. Само слово «еман», вероятно, восходит к монгольскому «яман» — «коза, козий».

Однако есть и другая версия. Фамилия Еманаков могла образоваться от татарского имени Еманак, которое связано с тюркским корнем «яман» — «злой, плохой». Суффикс -ак в тюркских языках имеет уменьшительное значение. Исследователи ономастики сибирских татар относят имя Еман и его производные к охранительным: называя ребёнка Еманаком, родители желали ему вырасти добрым человеком.

Интересно, что фамилия Еманаковы записана в документах на юго-западе Ульяновской области, в селе Андреевка. Это говорит о том, что слово «еман» бытовало ещё до русского заселения Сибири. Одно из первых упоминаний однокоренной фамилии относится к XVI веку: из исторических документов известен пушкарь Еманов из Лебедяни (1569 год). Таким образом, потомок человека по имени Еманак со временем получил фамилию Еманаковы. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.