Фамилия Емекеев образована от прозвища Емекей. Оно же, скорее всего, восходит к крымско-татарскому глаголу «емек», которое переводится как «есть, кушать», «еда, пища, кушанье». Вполне вероятно, что основатель рода Емекеевых обладал хорошим аппетитом. Не исключено также, что прозвище Емекей относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок обладателя фамилии Емекеев был поваром. Таким образом, потомок человека, которого звали Емекей, со временем получил фамилию Емекеев.