Фамилия Емекова — женская форма фамилии Емеков, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Емек. Чаще всего Емек — это просторечная, обиходная форма канонического крестильного имени Емельян (от греческого «аймилиос» — ласковый, приветливый). Уменьшительные суффиксы -к- в русских именах работали безотказно: Емельян превращался в Емелю, а тот — в Емека. По той же модели из Ильи получался Ильюк, из Павла — Павек.

Впрочем, есть и другая версия: в основе могло лежать нецерковное имя Емек, образованное от глагола «еметь» (твердеть, застывать) или от диалектного «емкий» — хваткий, цепкий, ловкий. В таком случае прозвище Емек давали человеку с крепкой хваткой или упрямым характером. Оба объяснения имеют право на существование, но первое — через Емельяна — встречается чаще: фамилии на -ов/-ев от крестильных имён в русской среде составляют большинство.

Фамилия Емеков (а значит, и Емекова) распространена не повсеместно. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Поволжье — в Самарской, Ульяновской областях и в Татарстане. Это косвенно указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде государственных крестьян или однодворцев, а не в дворянской среде. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается с XVIII века, но в массовом порядке фиксируется после отмены крепостного права, когда полные фамилии стали обязательными для всех сословий.

С точки зрения словообразования здесь всё прозрачно: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — «сын Емека» или «дочь Емека». Фамилия относится к самому массовому типу русских фамилий, так что при всей своей относительной редкости она встроена в типичную модель. Среди известных носителей фамилии Емеков нет громких исторических фигур, но это не редкость для фамилий, образованных от уменьшительных форм: они как раз и фиксируют рядового человека, прозванного в быту по имени или по черте характера.