Фамилия Емекльянова — редкий и нестандартный случай в русской ономастике. С первого взгляда она напоминает притяжательное прилагательное с суффиксом «-ов-», но сложность в том, что основа «Емекльян» не имеет прямых аналогов в канонических святцах или распространённых древнерусских именах. Скорее всего, перед нами результат народной переработки (гиперкоррекции) или искажения при записи фамилии, восходящей к крестильному имени Емельян.

Исходное имя Емельян (от греческого «Аимилианос» — «льстивый», «ласковый» в положительном смысле) в русской традиции дало множество фамилий: Емельянов, Емельянцев, Емелькин. Фамилия Емекльянова возникла, вероятно, из-за метатезы — перестановки звуков в живой речи. Человек мог произносить «Емекльян» вместо «Емельян», а писарь закрепил услышанный вариант. Суффикс «-ов-» в женской форме «-ова» указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Емекльяна».

Географически такая фамилия могла закрепиться в регионах с сильным влиянием местных говоров, где звуки «л» и «к» смешивались или выпадали — например, на северо-западе России или в Поволжье. Встречаются единичные носители фамилии Емекльянов (мужская форма) в архивных записях XIX века из Вятской и Пермской губерний, что подтверждает версию о диалектном происхождении.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «емек» (еда, пища) или «емекчи» (повар, кормилец). Но тогда фамилия имела бы окончание «-ов» от прозвища Емек, а форма «Емекльян» здесь избыточна. К тому же для тюркских заимствований характерны другие суффиксы. Поэтому версия с искажением имени Емельян остаётся основной.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила редкий фонетический вариант, который не прижился в литературной норме. Предки носительницы фамилии Емекльянова — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца или деда, которого в быту звали Емекльян.