Фамилия Емелльянов — редкий вариант написания распространённой фамилии Емельянов. Двойное «л» в суффиксе — это не опечатка, а историческая или диалектная особенность передачи звука. Чаще всего такую форму фиксировали в документах XIX — начала XX века в северных и центральных губерниях России, где мягкое «ль» на письме иногда удваивали для обозначения палатализации. В современных фамилиях двойное «л» встречается редко, но, если вы носитель именно такого варианта, ваша фамилия сохранила старую орфографическую черту.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Емельян (церковная форма Емилиан), восходящее к латинскому Aemilianus — «принадлежащий Эмилию», то есть из рода Эмилиев. В русской традиции имя получило широкое распространение после крещения Руси, а в народе превратилось в Емельян, Емеля. От него и образовали отчество-фамилию: «чей сын? — Емельянов». Суффикс -ов указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий крестьянского и мещанского сословий.

По словообразовательной модели фамилия Емелльянов — патроним (отчество, ставшее фамилией). В отличие от более частого Емельянов с одним «л», двойное написание могло возникнуть под влиянием местного произношения: в некоторых говорах, особенно в северо-западных, звук [л'] произносили с большей длительностью, что на письме отражали как «лл». Другая версия — путаница при переписи: писарь механически удваивал согласную по аналогии с фамилиями вроде Аллилуев или Илларионов.

Сравните с однокоренными: Емельянов, Емельянчиков, Емельяненко, Емельянцев. Все они образованы от того же имени, но разными суффиксами. Ваш вариант — самый редкий из них. В дореволюционных метрических книгах можно встретить обе формы в одной и той же волости, что говорит о неустойчивости нормы.

Если вы ищете предков, стоит проверять оба написания — Емельянов и Емелльянов, особенно в ревизских сказках и исповедных ведомостях. В советских паспортах двойное «л» часто исправляли на одинарное, поэтому ваша фамилия могла измениться при выдаче документов в 1930-х годах.