Основой фамилии Емешкина послужило мирское имя Еремишка. Фамилия Емешкина восходит к крестильному мужскому имени Иеремия (в переводе с древнееврейского – «возвышенный Богом»), которое в русском языке превратилось в Еремей. В основу фамилии легла просторечная форма этого имени – Еремишка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еремишка, со временем получил фамилию Емешкина.