Фамилия Емешкин происходит от имени Емешка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой марийского имени Емеш. Это имя восходит к тюркскому слову «емеш» — «плод». Имена, образованные от названий растений, были широко распространены у многих восточных народов. Называя ребенка Емеш, родители верили, что природа примет его как своего и передаст ему полезные качества растения.

Модель образования фамилии проста: к основе имени Емеш (в разговорной форме Емешка) добавили типичный русский притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Емешкин», то есть сын или потомок человека по имени Емешка. Такая модель характерна для фамилий крестьянского и мещанского сословий центральной России и Поволжья.

География фамилии подтверждает её марийские и тюркские корни. Наибольшее распространение Емешкины получили в Нижегородской области и соседних регионах, где исторически жили марийцы и татары. В Книге памяти Нижегородской области зафиксирован крестьянин-единоличник Емешкин Константин Иванович, родившийся в 1884 году — один из немногих документально подтверждённых носителей фамилии.

У фамилии есть редкая особенность: она может быть «зеркальным» отражением фамилии Емельянов. Если Емельянов образовано от полного канонического имени Емельян, то Емешкин — от его народной, усечённой формы. В говорах имя Емельян нередко сокращали до Емеш, что и дало начало самостоятельной фамилии. Таким образом, Емешкин и Емельянов — не однокоренные, а параллельные образования от одного корня, но разными путями.