Фамилия Емиленко — хороший пример того, как украинская словообразовательная модель может скрывать за собой русское по происхождению имя. Основа здесь — каноническое крестильное имя Емилиан (в просторечии — Емильян, Емилен, через русского святого Емилиана), а суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение фамилии. В украинской ономастике суффикс -енко — самый распространённый патронимический формант, означающий «сын» или «потомок»: Емиленко — буквально «сын Емилена» (где Емилен — народная форма имени Емилиан).

Интересно, что фамилия не пошла по пути более частого на востоке Украины варианта Емельяненко (от полной формы Емельян). Емиленко — более юго-западный или центральноукраинский вариант, где имя сократилось до формы Емилен. Такое усечение типично для говоров Правобережья и Подолья: в бытовой речи имя Емельян могли произносить как Емилен, и от этой краткой формы и возникла фамилия.

С точки зрения географии, фамилия Емиленко не входит в число массовых украинских фамилий. Она встречается рассеянно по центральным и западным областям Украины — в Винницкой, Хмельницкой, Житомирской областях, а также в прилегающих районах Беларуси и России (Брянская, Курская области). Это говорит о том, что родоначальник не был казаком с Запорожья (там преобладали бы фамилии на -енко от более простых прозвищ), а скорее крестьянином или мещанином из центральных регионов, носившим церковное имя.

О сословной принадлежности носителей фамилии в прошлом сказать сложно: суффикс -енко в XVII-XVIII веках использовался и у крестьян, и у казаков, и у мещан. Но то, что фамилия образована от полного христианского имени, а не от прозвища, намекает на грамотность или хотя бы на церковную запись при её фиксации — возможно, предок был записан в метрическую книгу именно как Емилен, а не под мирским прозвищем. В любом случае, фамилия Емиленко — это история о том, как церковное имя Емилиан, пройдя через народное произношение и украинскую модель фамилии, закрепилось в виде, который сразу выдаёт регион своего происхождения.