Фамилия Емильев — редкий случай, когда популярная модель образования встречается с неочевидной основой. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая фамилия на -ев, указывающая на происхождение от отца по имени Емиль. Но с этим именем всё не так просто.

В русском языке нет канонического имени Емиль. Ближайший аналог — Эмиль, которое пришло в Россию из Западной Европы (французское Émile, от латинского Aemilius — «соперник»). Однако в дореволюционных записях иностранные имена часто русифицировались: начальное «Э» могли заменять на «Е», как в фамилиях Егоров (от Георгий/Егорий) или Елпидифоров. Так Эмиль превращался в Емиля, а его сын становился Емильевым. Подтверждение этой версии — существование фамилии Емильев в среде потомков обрусевших немцев и поляков, где имя Эмиль было распространено.

Вторая версия, более редкая, но не менее правдоподобная, связывает фамилию с греческим именем Емилиан (от того же латинского корня Aemilius). В просторечии полное имя могли сокращать до Емиля, от которого и пошла фамилия. В этом случае Емильев — то же самое, что и Емельянов, но образованное от другой, усечённой формы имени.

Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (Емиль). Фамилия закрепилась в нескольких регионах, но особенно заметна в Поволжье и на юге России, где была высока концентрация немецких колонистов и смешанного населения. Встречается и вариант Емельев, который путают с фамилией от имени Емельян, но разница в происхождении принципиальна: Емельев — от Емельян (через Емеля), а Емильев — от Эмиль или Емилиан.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: от крестьян до мещан и священников. В дворянских родословных книгах Емильевы не значатся — фамилия осталась в среде разночинцев и духовенства. Сегодня она встречается редко, что делает её своеобразным маркером: если человек носит фамилию Емильев, с большой вероятностью его предки имели нерусские корни или принадлежали к старообрядческим общинам, где имя Эмиль иногда фиксировалось в метриках.