Фамилия Емильянчикова — женская форма, мужской вариант — Емильянчиков. В основе лежит имя Емильян, одна из народных форм канонического имени Емельян (от греческого «аймилиос» — ласковый, приветливый). В русских говорах имя бытовало в десятках вариантов: Емельян, Омельян, Емильян, Мильян и других. Фамилия образована с помощью последовательного присоединения двух суффиксов: сначала уменьшительно-ласкательного -чик- (Емильян + чик = Емильянчик — «маленький Емильян» или «сын Емильяна»), а затем притяжательного -ов- (Емильянчик + ов = Емильянчиков). Такая двойная суффиксация — характерная черта русских фамилий XVII–XVIII веков, когда от имени сначала делали прозвище или полуотчество, а затем закрепляли его как родовое имя.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Емильянчиков в Курском уезде и на территории современной Тамбовщины. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или мелкими служилыми людьми, получившими фамилию по деду или отцу — Емильяну.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Емильян (в отличие от Емельян) было менее распространено. В современном русском языке фамилия сохранила архаичное написание через «и» в первом слоге, что может указывать на местное произношение или на фиксацию в документах, где писцы записывали имя на слух. Однокоренные фамилии — Емельянов, Емильянов, Емельянчиков, Омельяненко — более частотны, а вариант с -чик- и последующим -ов- встречается реже, что делает фамилию Емильянчикова любопытным примером словообразовательной архаики.