Фамилия Емильян — редкий случай, когда в основе лежит полная форма имени, а не его уменьшительная версия. В отличие от десятков тысяч Емельяновых, образованных от просторечного Емельян, здесь мы видим вариант Емильян, который восходит к церковному имени Емилиан (в современной традиции — Эмилиан). Происходит оно от латинского Aemilianus — «принадлежащий роду Эмилиев», то есть, в переносном смысле, «соперник» или «ревностный».

Сама фамилия не имеет патронимического суффикса — ни -ов, ни -ин. Это так называемая «усечённая» форма, или фамилия-имя, которая закрепилась в документах без дополнительного оформления. Такие фамилии встречаются реже и чаще всего фиксировались у выходцев из южнорусских и украинских земель, где была сильна традиция записывать человека просто по имени: «Иван», «Петр», «Емильян». Позже, при переписях, эта форма могла перейти в наследственную.

С точки зрения социальной истории, Емильян — фамилия недворянская. Она почти наверняка принадлежала крестьянам или мещанам. В Российской империи полное имя в качестве фамилии — признак того, что предок не имел родового прозвища и был записан «по отцу» в самом прямом смысле, без суффикса, который обычно добавляли чиновники. Поэтому носитель фамилии Емильян — потомок человека, которого в быту звали именно так, Емильяном, и это имя стало родовым знаком.

Стоит добавить, что написание через «и» (а не через «е») — не ошибка, а историческая норма. До реформы орфографии 1918 года имя Емельян часто писали через «ижицу» или просто через «и» в церковных книгах. Так что фамилия Емильян — архаичный, книжный вариант, который сохранил старую форму произношения. Встречается она в основном на юге России и в восточных областях Украины, но везде — как большая редкость.