Фамилия Емилиян — редкий случай, когда в основе лежит не русская, а церковная форма имени. Она происходит от крестильного имени Емилиан (в современной гражданской традиции — Эмилиан), которое восходит к латинскому Aemilianus — «принадлежащий Эмилию», то есть из рода Эмилиев. Римский род Эмилиев был одним из древнейших патрицианских, и имя означало «соперник» или «ревностный». В русских святцах имя закрепилось в форме Емилиан, и от неё пошла фамилия.

Модель образования здесь — нестандартная. Обычно от имени Емилиан делали фамилию Емилианов (с суффиксом -ов), указывая на принадлежность потомку человека с таким именем. Но фамилия Емилиян усечена: отброшен суффикс -ов, и в результате она совпадает с самим именем. Такое «нулевое» окончание характерно для фамилий, которые оформлялись как прозвища или передавались в неизменной форме, особенно в среде духовенства или в южнорусских и украинских говорах, где фамилии на -енко, -ук, -ич встречаются чаще, но и усечённые варианты тоже бытовали.

Географически фамилия Емилиян тяготеет к регионам, где было сильно влияние церковнославянской традиции и где имя Емилиан употреблялось в повседневном обиходе. Встречается она в основном на юге России, в Белоруссии и на Украине, реже — в центральных областях. Носители фамилии могли быть потомками крестьян или мещан, но не исключено, что предок был церковнослужителем: в среде духовенства фамилии часто давали по имени отца без дополнительных суффиксов, просто называя человека по святцам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Емельянов, Емильянов, Емильяненко — показывает, что Емилиян стоит особняком. Если Емельянов — это массовая фамилия от народной формы Емельян (с ударением на второй слог), то Емилиян сохранил более книжное, церковное звучание. Это указывает на то, что предки, вероятно, были грамотными людьми, связанными с церковной средой, либо жили в местности, где имя не обрусело в просторечную форму.

Споров о происхождении фамилии нет: она однозначно от имени Емилиан. Единственный нюанс — написание через «и» после «м» в корне, что подчёркивает латинский источник (Aemilianus), а не народное «Емельян». Встречаются варианты Емильян, Емелиян, но форма с «и» — самая точная с точки зрения этимологии.