Фамилия Емилиянова — редкий вариант более распространённой Емельяновой. Разница в первой букве «и» вместо «е» возникла не из-за ошибки, а из-за церковнославянского произношения имени. В основе лежит крестильное имя Емилиан (в бытовой русской форме — Емельян), которое восходит к латинскому Aemilianus — «принадлежащий роду Эмилиев». Эмилии в Древнем Риме были знатным патрицианским родом, но для крестьянина или ремесленника XVII века, получившего это имя при крещении, античное значение было пустым звуком: имя давали по святцам.

Суффикс -ов- указывает на притяжательное значение: Емилиянов сын, то есть потомок человека по имени Емилиан. Фамилия закрепилась в среде крестьян и мещан, где отчество превращалось в фамилию к концу XVIII — началу XIX века. Географически написание через «и» чаще встречается в старообрядческой среде: староверы дольше сохраняли церковнославянскую норму произношения и написания имён, избегая обмирщённой формы «Емельян».

Любопытно, что фамилия Емилиянова (и мужская форма Емилиянов) почти не встречается в центральных губерниях России — её ареал тяготеет к северу и Поволжью, где сильны были старообрядческие общины. В документах XIX века можно найти двоякое написание у одних и тех же людей: в метрических книгах официальной церкви писали «Емельянов», а у себя в общине — «Емилианов». Со временем часть семей сохранила именно «книжный» вариант фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Емилиянова стоит в одном ряду с Емельяновой, Емильяновой и даже Эмильяновой — все они восходят к одному источнику, но разошлись в написании из-за диалектов и социальной среды. Носитель фамилии Емилиянова с высокой вероятностью имеет предков из среды старообрядцев или севернорусских крестьян, где книжная культура была сильнее, чем в центральных регионах.