Фамилия Емко — редкий пример фамилии, образованной не от полного имени или профессии, а от прозвища, которое, скорее всего, характеризовало манеру речи или поведения человека. В русской традиции фамилии на -ко особенно характерны для Украины и южных областей России (Курская, Воронежская области), где суффикс -ко выполняет уменьшительную или фамильярную функцию. Емко — это не что иное, как застывшая форма краткого прилагательного или наречия «ёмко», то есть «вместительно, широко, полно».

Слово «ёмкий» в старом русском языке имело более широкий смысл, чем сейчас. Оно могло относиться не только к вместительности посуды, но и к человеку: «ёмкий» — основательный, вместительный в прямом смысле (дородный, крупный) или в переносном — глубокий, содержательный. Однако есть и другая версия, которую поддерживают некоторые ономасты: фамилия могла возникнуть как прозвище говорливого человека — «ёмко» в смысле «громко, звучно, размашисто». В диалектах встречается глагол «ёмкать» — говорить громко, кричать, а также «ёмкий» — горластый, зычный. В этом случае Емко — прозвище, данное человеку с мощным голосом или привычкой говорить нараспев.

По модели образования фамилия Емко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Громко, Широко, Быстро. Все они образованы без дополнительных суффиксов — от наречий или кратких прилагательных, что для русской фамильной системы нехарактерно. Обычно такие формы закрепились как прозвища в среде казачества или крестьян южнорусских губерний, где фамилии часто фиксировались в исходном виде без добавления -ов/-ев. Таким образом, предок носителя фамилии Емко мог быть либо дородным, либо звонкоголосым человеком — в любом случае, прозвище было точным и запоминающимся.

В письменных источниках фамилия встречается редко. В метрических книгах XIX века Емко фиксируется преимущественно на территории современной Украины (Полтавская, Черниговская губернии) и в южных уездах России. Сословно — чаще крестьянская или мещанская, без дворянских корней.