Фамилия Еналиханов — составная, и в ней сплелись два разных смысловых пласта. Первая часть восходит к мужскому тюркскому имени Енали, которое является вариантом имени Джангали. В его основе лежат два корня: «джан» (душа) и «гали» (высокий, возвышенный, человек высокого звания или достоинства). Таким образом, имя Енали буквально означает «душа возвышенного».

Вторая часть фамилии — «хан» — самостоятельный титул, который в переводе с тюркского означает «властитель, монарх». Изначально «хан» обозначал вождя племени, например, у кочевников Ирана и Афганистана. В русских фамилиях этот компонент нередко присоединялся к основе не как часть имени, а как указание на происхождение или прозвище: «сын такого-то хана» или «человек, служащий хану».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Еналиханов, то есть потомок Еналихана. Важно, что имя Еналихан могло бытовать как двусоставное личное имя, где «хан» выступал не отдельным титулом, а усилительным компонентом (подобно именам типа Алихан, Муратхан). В таком случае фамилия означает не «сын Енали и хана», а «потомок человека по имени Еналихан».

Фамилия редкая и имеет отчетливую восточную (тюрко-татарскую или кавказскую) привязку. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из среды, где были распространены сложные имена с компонентом «хан», а сама фамилия закрепилась в русской среде через документы или при переписи населения, когда тюркское имя получило стандартное русское окончание.