Фамилия Ендрусинский — одна из тех, где ясна модель образования, но неочевидна исходная основа. Словообразовательный суффикс -ский указывает на польское или западнорусское происхождение. В шляхетской среде Речи Посполитой фамилии на -ский обычно обозначали владельческое прозвище по названию имения или местности. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из места, которое называлось Ендрусино, Ендрусы или что-то подобное. Окончание -инский — типичная притяжательная форма от топонима: «из села, принадлежащего Ендрусе».

Корень Ендрус- — это народная форма имени Андрей. В польском языке имя Andrzej в разговорной речи и диалектах давало варианты вродę Jędruś (Ендрусь) или Jędras (Ендрас). Отсюда и прозвище Ендруса — уменьшительное от Андрея, а затем и название деревни, где жили люди этого Андрея. Фамилия, таким образом, восходит к крестильному имени Андрей (греч. «мужественный»), но прошла через стадию прозвища и географической привязки.

Географически фамилия тяготеет к бывшим землям Великого княжества Литовского и современной западной Беларуси, а также восточной Польши. Встречаются варианты написания: Ендрусинский, Ендрушиньский (с мягким знаком), реже — Яндрусинский. В дореволюционных метрических книгах можно найти написание через «i» — Ендрусинскiй. Это типичная «шляхетская» фамилия, но не обязательно дворянская: на -ский переходили и крестьяне, и мещане, если их село носило такое название.

Споров о происхождении почти нет. Альтернативная версия — от литовского корня (ср. лит. jundras, «яростный»), но она слабая, так как суффикс -ский не характерен для литовской ономастики, а имя Андрей в польской огласовке даёт естественное и простое объяснение. Фамилия не частотная, но устойчивая; её носители в основном сохранились в Гродненской и Брестской областях, а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде.