Фамилия Ениколопов — редкий случай, когда географический корень виден сразу, но механизм образования фамилии неочевиден. Основа «Ениколоп» или «Ениколопо» — это искажённое греческое название города Эниколопа, известного как Эниколопо (Enicolopo) или, точнее, Эниколопос. Так в средние века называли современный Трабзон (Трапезунд) на черноморском побережье Турции. Носитель фамилии — выходец из этого города или его окрестностей. Формант «-ов» — стандартный русский патронимический суффикс, который прикрепили к прозвищу или фамилии греческого происхождения, когда предок перебрался в русскоязычную среду.

Словообразовательная модель здесь необычна: мы имеем дело не с прозвищем по ремеслу или внешности, а с топонимическим прозвищем, которое в русском языке оформилось по модели «географическое название + -ов». Похожие примеры — фамилии Ростовцев, Тамбовцев, но там суффикс «-цев» указывает на жителя. В случае Ениколопов суффикс «-ов» просто превратил греческое название в русскую фамилию, как, скажем, фамилия Греков или Турков, но с более конкретной привязкой.

В греческом оригинале город назывался Ἐνικόλοπος. Первая часть «эни-» (ἐνί) означает «в» или «на», вторая «-колопос» (κόλοπος) — «залив» или «бухта». То есть название буквально переводится как «в бухте» или «на заливе», что идеально описывает расположение Трабзона на берегу Чёрного моря. Таким образом, фамилия Ениколопов — это русифицированная форма греческого топонима, означающего «человек из города, стоящего на заливе».

Встречается фамилия почти исключительно у потомков греческих переселенцев, которые в разное время перебирались из Малой Азии на юг России, в Причерноморье и на Кубань. В русской среде она могла писаться с вариациями: Ениколопов, Ениколопо́в, реже — Ениколопов-Трабзонский. Фамилия не крестьянская и не дворянская в классическом понимании — она принадлежала к городскому торговому или ремесленному сословию греческой диаспоры, которая активно занималась торговлей и мореплаванием в Чёрном море. Одно из самых известных имён в этой фамилии — советский учёный-физик, академик Игорь Ениколопов (1930–1990), работавший в области химической физики и полимеров, что подтверждает её научную, а не аристократическую родословную.