Фамилия Епифонова образована от мужского имени Епифан, которое является просторечной формой канонического имени Епифаний. В переводе с греческого Epiphanes означает «явленный», «славный» — в православной традиции это эпитет Бога, а имя давали в честь святого Епифания Кипрского. В русском языке имя быстро обросло обиходными вариантами: Епифан, Епифон, Епифанко. Именно от формы Епифон (с заменой «а» на «о» под влиянием акающих говоров) и пошла фамилия Епифонов, а её женский вариант — Епифонова.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца. В XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, крестьянина или посадского человека могли записать как «Ивашка Епифонов сын». Со временем притяжательное прилагательное превратилось в наследственную фамилию. Женская форма Епифонова — это не самостоятельная фамилия, а грамматический вариант, который носят женщины из рода Епифоновых.

Фамилия не относится к числу редких, но и не массовая. Она распространена в центральных областях России, особенно в Поволжье и на юге — там, где имя Епифан было в ходу у крестьян и мещан. В дворянской среде эта фамилия почти не встречается: имя Епифаний считалось простонародным, аристократия предпочитала более «благородные» греческие имена.

Стоит обратить внимание на написание: в старых документах фамилию могли записать как Епифанова (от имени Епифан) или Епифонова. Разница в одной букве, но она отражает живые диалектные особенности произношения. В современном русском языке закрепился вариант через «о» — Епифонова, хотя этимологически точнее было бы через «а». Это не ошибка, а историческая норма: фамилии часто фиксировали не по правилам книжного языка, а по тому, как звучало имя в конкретной местности.