Фамилия Эрганова — редкий случай, когда её происхождение лежит не в славянских корнях, а, скорее всего, в тюркских языках. Основа «эрган» (или «эрген») в тюркских наречиях означает «холостой», «неженатый мужчина», «юноша». В некоторых диалектах слово могло звучать как «эрган» с тем же значением. Таким образом, фамилию могли дать как прозвище холостяку или молодому парню, ещё не обзаведшемуся семьёй.

Суффикс -ов делает фамилию типичной русской по форме, но с иноязычной основой. Модель образования проста: к тюркскому прозвищу Эрган (или Эрген) добавили русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Эргана). Женская форма Эрганова — естественное грамматическое изменение, означающее «дочь или жена Эргана». Встречаются и варианты написания: Эргенов, Эрганов, но форма с конечным -а характерна именно для женского рода.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье (Татарстан, Башкирия), Урал, отчасти Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном возникновении — возможно, в одной деревне или роду. В дореволюционных метрических книгах и переписях её можно найти в среде крестьян и мещан, а также у крещёных татар и башкир, которые принимали русские фамилии по отцу.

Спорных версий немного. Иногда основу связывают с монгольским «эргэн» — «широкий», «просторный», но это менее вероятно: прозвище по внешнему признаку («широкий человек») встречается реже, чем социальное «холостой». Кроме того, в тюркских языках слово «эрген» (эркек, эр) имеет прямое отношение к мужскому полу, что делает версию с холостяком более логичной и подтверждённой ономастическими параллелями (ср. фамилии Эргенов, Эргашев).