Фамилия Ермилин имеет в своей основе каноническое мужское имя Ермолай (в переводе с греческого – «вестник народа») или Ермил («из гермесова леса»). Более вероятной представляется вторая гипотеза. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ермил, со временем получил фамилию Ермилин.