Фамилия Ермилко образована от имени, точнее — от его уменьшительной формы. В основе лежит каноническое имя Ермил, которое пришло на Русь из греческого языка. Его значение связывают с Гермесом: считается, что имя означает «из Гермесовой (храмовой) рощи». У имени есть и христианский покровитель — мученик Ермил, диакон из города Сингидона (современный Белград). Он жил в начале IV века, во времена императора Ликиния, был осуждён за веру и погиб в тюрьме. Дни его памяти — 26 января и 31 декабря.

Сама фамилия Ермилко — это не что иное, как бывшее отчество или прозвище, застывшее в форме имени. Суффикс -к- в русских фамилиях обычно указывает на уменьшительное, обиходное имя: Ермилко — это «маленький Ермил» или, скорее, «сын Ермила». Такая модель образования (имя + суффикс -ко) особенно характерна для украинских и белорусских фамилий, где она широко распространена. В русской традиции похожие фамилии чаще оформлялись суффиксами -ов или -ин (Ермилов), а вот форма на -ко выдаёт южное или западнорусское происхождение.

География бытования фамилии это подтверждает. В Книге памяти Амурской области, например, упоминается Маркиян Лаврентьевич Ермилко, родившийся в 1874 году в Полтавской области Украины. Это прямое указание на то, что фамилия сформировалась именно в украинской среде, а затем переселенцы разнесли её дальше — на восток империи. Сама фамилия не частая, но и не редкая: её носители встречаются в основном на Украине и в южных регионах России.