Фамилия Ершкова — одна из тех, что сохранила в себе память о мирском, нецерковном имени предка. В её основе лежит имя Ершок, которое в старину давали ребёнку не случайно. Подобные «рыбные» именования были широко распространены на Руси: родители верили, что имя, взятое от природы, передаст ребёнку качества своего «носителя». В случае с ершом — колючесть, неуступчивость, цепкость и бойкий нрав. Нарекая сына Ершком, желали, чтобы рыба-ёрш стала его покровителем и наделила его своей жизнестойкостью.

Фамилия образовалась по простой и типичной для русского севера и центра модели: к основе «Ершок» добавили суффикс принадлежности -ов, а затем родовое окончание -а. Первоначально Ершковы — это «дети Ершка», то есть потомки человека по имени Ершок. Имя это не было редкостью: в исторических документах, собранных С. Б. Веселовским, встречаем Василия Ивановича Ерша Судакова (первая половина XVI века), Ерша Семёновича Белкина (1562 год) и даже князя Дмитрия Ивановича Ерша Немого-Оболенского. Эти записи показывают, что мирское имя Ерш носили люди самого разного сословия — от крестьян до знати.

Словообразовательно фамилия Ершкова стоит в одном ряду с такими, как Щукин, Окунев, Карасёв, Лещёв. Но есть у неё и особенность: суффикс -ок в основе (Ершок) придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок. В отличие от прямого Ершов, фамилия Ершкова звучала более «домашней», указывая, возможно, на младшего в роду или на ласковое прозвище, которое закрепилось в семье. Со временем патроним на -ов застыл, и Ершковы разошлись по разным губерниям — чаще всего фамилия встречается в Поволжье и центральных областях России, что подтверждается современными данными о распространённости.