Фамилия Есекенов — яркий пример того, как русская модель образования фамилий (суффикс -ов) наложилась на тюркское имя. Перед нами типичная «качественная» фамилия, то есть образованная от личного имени отца. Основа здесь — имя Есекен. Это сложное имя, состоящее из двух частей: «Есе» и «кен». Первая часть восходит к арабскому «Иса» (Иисус в исламской традиции, один из пророков). В тюркских языках, особенно в казахском и ногайском, имя «Иса» часто приобретало форму «Есе» (через закономерный переход начального «и» в «е»). Вторая часть — «кен» — с древнетюркского переводится как «широкий», «просторный», но в составе имен часто имеет значение «подобный», «сродни», или же выступает как ласкательный аффикс. Таким образом, имя Есекен (Есе + кен) можно истолковать как «подобный Исе» или, с учетом уменьшительно-ласкательного оттенка, «маленький Есе» (по аналогии с русскими именами вроде Иван — Иванка).

Фамилия Есекенов географически привязана к регионам, где исторически проживают тюркские народы, в первую очередь казахи. В Казахстане распространены фамилии, образованные от имен с основой «Есе»: Есеев, Есенин (не путать с поэтом, это тюркская фамилия от Есен), Есекенов. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, вероятно, в XIX — начале XX века, при фиксации в метрических книгах или при переписях населения. Человек по имени Есекен, сын некоего Есе, стал родоначальником этой фамилии.

Важно различать эту фамилию с похожей на слух фамилией Есенин. Хотя обе восходят к тюркскому корню «есен» (здоровый, благополучный), Есекенов имеет в основе двусоставное имя, а не просто прилагательное «есен». Это делает фамилию более редкой и конкретной в плане происхождения: она прямо указывает на имя конкретного предка, а не на его качество (здоровый человек). Иными словами, Есекенов — это «сын Есекена», а не «сын здоровяка».

Встречаемость фамилии невысока, что типично для патронимов от сложных имен. Носители фамилии Есекенов сегодня живут в основном в Казахстане и в приграничных с ним регионах России (Астраханская, Оренбургская области). Сословно предки Есекеновых, скорее всего, были скотоводами или земледельцами из числа казахов или, реже, татар, получивших фамилию после перехода на оседлый образ жизни и фиксации в документах.