Фамилия Есеркенова образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужской основы с помощью суффикса -ов и окончания -а. Это значит, что предок носительницы фамилии (скорее всего, по отцу) носил фамилию Есеркенов. В основе лежит имя или прозвище Есеркен. В русском языке мужские фамилии на -ов образуются от слов, оканчивающихся на твёрдый согласный, а женские — от мужских с тем же суффиксом, поэтому Есеркенова — это «дочь или жена Есеркенова».

Сама основа Есеркен имеет тюркское происхождение и состоит из двух частей. Первая — «есер» (в разных тюркских языках может означать «свободный», «вольный», «богатырь» или даже «повеса»). Вторая часть — «кен», распространённый тюркский суффикс, который может указывать на принадлежность, происхождение или местность. В казахском языке, например, слово «еркін» означает «свободный», а «еркен» — «широкий», «просторный». Таким образом, наиболее вероятное значение фамилии — «принадлежащий к роду Есеркена», где Есеркен — личное имя или прозвище, данное, возможно, за независимый характер или силу.

Фамилия Есеркенова почти наверняка казахская по происхождению. Суффикс -ов в тюркских фамилиях — это русское окончание, которое массово добавили к казахским именам в XIX–XX веках, в период русификации документов. В исконно казахской среде фамилия звучала бы как Есеркен (без суффикса) или Есеркенұлы (для мужчин) и Есеркенқызы (для женщин). Судя по структуре, фамилия не древняя, а сформировалась в рамках официального делопроизводства Российской империи, когда кочевые казахи получали фамилии по имени отца или деда.

Встречается фамилия преимущественно в Казахстане, а также среди казахской диаспоры в России и других странах. Интересно, что в русском языке ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Есе́ркенова, хотя в казахском произношении ударение может быть на последнем слоге. Склоняется фамилия по общим правилам: Есеркенова, Есеркеновой, Есеркенову и так далее.