Фамилия Есеркенов — один из тех редких случаев, когда русский суффикс -ов намертво сросся с тюркским корнем, но при этом сама фамилия не сразу поддаётся расшифровке. В ней отчётливо слышна казахская или башкирская основа, а суффикс указывает на то, что фамилию оформляли уже по русской модели — скорее всего, во время переписи или при получении документов в XIX — начале XX века.

Самый прямой путь к значению — разобрать имя Есеркен. В тюркских языках, особенно в казахском, «есер» (есер) означает «одурманенный», «пьяный», а также может относиться к человеку с необычным, чудаковатым поведением. Уменьшительно-ласкательный суффикс -кен (или -ген) превращает это в прозвище: Есеркен — «маленький чудак», «пьянчужка» или, в более мягком варианте, «весельчак». Не исключено, что так прозвали человека за весёлый нрав или за склонность к хмельным напиткам. В кочевой среде прозвища часто давались по заметной черте характера, и они не несли оскорбительного оттенка — скорее, были меткими и запоминающимися.

Есть и другая, менее вероятная версия: «есер» может быть искажённым арабским «йасар» (левая сторона, лёгкость), но в сочетании с -кен такое толкование выглядит натянутым. Казахский язык даёт более органичное объяснение.

Географически фамилия Есеркенов почти наверняка привязана к Западному Казахстану или к Оренбургской области — регионам, где в XIX веке активно шла русификация казахских имён при записи в казачьи или крестьянские списки. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, основатель рода был известен под прозвищем Есеркен в пределах одного аула или волости.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же «вторичных» русских фамилий от тюркских прозвищ: Есенов, Есиркепов, Есергепов. Разница лишь в том, что Есеркенов образована не от полного имени, а от уменьшительной формы, что встречается реже и подчёркивает бытовой, неофициальный характер прозвища. Сословно предки Есеркеновых, скорее всего, были скотоводами или казахами, приписанными к казачьему войску, — документальных подтверждений дворянства или купечества по этой фамилии нет.