Фамилию Есенникова стоит рассматривать в паре с мужской формой Есенников — это один из тех случаев, когда суффикс -ов/-ев закрепился за отчеством, образованным от прозвища или профессии. Основа здесь — «есенник», и первое, что приходит в голову, это связь с растением ясенем. Однако в русских говорах слово «есенник» или «ясенник» могло означать не только ясеневую рощу, но и человека, который занимался заготовкой или обработкой ясеневой древесины. Тогда предок носителя фамилии — либо лесник, либо плотник, работавший с твёрдой и ценной породой дерева.

Но есть и другая, более неожиданная версия. В диалектах, особенно южнорусских и украинских, «есень» — это осень. Отсюда «есенник» могло быть прозвищем человека, родившегося или чем-то примечательного в осеннюю пору, либо того, кто занимался сезонными осенними работами, например, уборкой урожая или обмолотом. Такие прозвища по времени года давали нередко, и они становились основой для фамилий вроде Есенников, Весенников, Зимников.

Суффикс -ик в слове «есенник» указывает на лицо по действию или признаку, а затем -ов добавил значение принадлежности: «сын Есенника». Фамилия не слишком распространена, встречается очагами в центральных и южных областях России. В написании интересна буква «е» в начале: если бы корень был от «ясень», ожидалось бы «Ясенников», но в живой речи и при записи в документах «я» могло перейти в «е» под влиянием аканья или просто из-за неграмотности писаря. Поэтому обе версии — и «ясеневая», и «осенняя» — имеют право на существование, и без конкретной родословной сказать, какая верна для конкретной семьи, невозможно.