Фамилия Енникова — женская форма фамилии Енников. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов- и окончанием -а, то есть буквально означает «принадлежащая Енникову» (жена или дочь человека по фамилии Енников). Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Енник, и именно в нём заключена главная загадка.

Корень Енн- встречается в русских фамилиях нечасто. Самое вероятное объяснение — диалектное слово «енник» или «еня». В северных и сибирских говорах «еня» — ласковое обращение к ребёнку или младшему, что-то вроде «дитятко». В таком случае Енник — это человек, которого так прозвали за мягкий характер, молодость или внешность. Возможно, прозвище дали младшему сыну в большой семье, и оно закрепилось как фамильное.

Менее распространённая версия — связь с тюркскими языками, где корень «ен» может означать «широкий» или «бок». Но для фамилии, зафиксированной в центральной России, это маловероятно: тюркские заимствования обычно имеют более прозрачную географическую привязку (юг, Поволжье). По данным современных справочников, фамилия Енников встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно поддерживает версию о русском диалектном происхождении.

Суффикс -ик в основе Енник — уменьшительный, характерный для прозвищ (сравните: Иван — Иваник, малый — мальчик). Это значит, что прозвище было не просто именем, а именно ласкательной или уменьшительной формой. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Енником — «маленьким» или «младшеньким».

Фамилия Енникова не относится к дворянским или купеческим — она типично крестьянская. В списках XIX века такие фамилии часто писались с колебаниями: Енников и Еньников (через мягкий знак). Современное написание закрепилось без него, но в старых метрических книгах можно встретить оба варианта.