Фамилия Естегнеева — женская форма фамилии Естегнеев. В основе лежит мужское имя или прозвище Естегней, которое в русской ономастике вызывает споры. Самая вероятная версия: это искажённая, народная форма канонического имени Евстигней (от греческого «ев» — благо, и «стигнос» — знак, то есть «благой знак»). В русских говорах имя Евстигней часто упрощали до Остигней, Естигней, а потом и до Естегней — так отпадали начальные гласные и менялось звучание. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Естегней добавили притяжательный суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «сын Естегнея»), а женский вариант получил окончание -а.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с диалектным словом «естегня» (так в некоторых областях называли стебель или колючку). Но ономасиологи (в частности, работы В. А. Никонова по русским фамилиям) чаще указывают на антропонимическое происхождение от крестильного имени, а не от нарицательного слова — искажение церковных имён в народной среде было массовым явлением.

Географически фамилия Естегнеева встречается нечасто, но прослеживается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Тамбовской областях. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно среди государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, которые охраняли южные рубежи. Это значит, что предки Естегнеевых не были крепостными, а несли военную или сторожевую службу, что отразилось и на распространении фамилии в чернозёмной полосе.

Интересная деталь: в старых документах можно встретить варианты написания Естигнеев, Остегнеев — через букву «и» или с начальным «О». Это не ошибка, а отражение живого произношения: в говорах звук [о] в безударном положении мог заменяться на [а], а «е» — на «и». Современная форма Естегнеева закрепилась, вероятно, уже после реформы орфографии и паспортизации в XX веке.