Фамилия Естекова образована от мужского имени Естек. По одной из версий, в его основе лежит тюркское слово «есте» — «память, воспоминание». В таком случае имя Естек можно перевести как «памятливый» или «тот, кого помнят». В казахском и других тюркских языках распространены личные имена с корнем «ес» (память, ум), и Естек — одна из производных форм.

Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель образования: Естек + ов = «сын Естека», то есть потомок человека с таким именем. Окончание -а — женский вариант фамилии. Фамилия Естеков (и Естекова) относится к числу тех, что возникли в среде крещёных тюркских народов или в зоне активных русско-тюркских контактов — на Урале, в Поволжье, в Сибири, а также в Казахстане, где русская фамильная модель накладывалась на местные имена.

Встречается фамилия и в варианте Естиков — с чередованием согласных, типичным для разговорной речи. Оба варианта восходят к одному корню. В словарях русских фамилий тюркского происхождения (например, в работах А. Суперанской) имя Естек не фиксируется как распространённое, что говорит о его локальном, возможно, диалектном характере. Носители фамилии Естекова сегодня встречаются в Казахстане, в Оренбургской области и в некоторых регионах Сибири.

Таким образом, фамилия Естекова — это «память о предке по имени Естек», и её разбор показывает, как русская патронимическая модель соединилась с тюркским личным именем, дав начало фамилии, которая несёт в себе и языковую, и историческую двуплановость.