Фамилия Естеков — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии. Она типична для народов, говорящих на языках кыпчакской группы: казахов, ногайцев, каракалпаков, отчасти башкир и татар. Русская форма фамилии сложилась через добавление суффикса -ов, который в тюркской среде на территории Российской империи часто заменял исконные родовые окончания (например, казахское -улы, -кызы). Поэтому Естеков — это русифицированный вариант фамилии, исходная основа которой — Естек.

Само слово «естек» — не имя и не профессия, а этноним. В тюркской ономастике так называли одно из племён или родовых подразделений. Есть сведения, что «естек» (или «истек») — это название группы, входившей в состав более крупных племенных объединений, например, у казахов Младшего жуза или у ногайцев. В этом смысле фамилия Естеков означает «потомок естека», то есть выходец из этого рода. Такая модель образования — от этнонима через суффикс принадлежности — очень распространена в степи: достаточно вспомнить фамилии Найманов, Кипчаков, Аргынов.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских толкованиях версия — связь с казахским словом «есті» (умный, разумный) или «естек» как диалектным вариантом «истек» (желание, стремление). Однако лингвистически надёжнее выглядит версия родовая: фамилии на -ов от этнонимов в тюркской среде — массовое явление, а прозвища по личным качествам реже давали начало целым фамилиям без промежуточного имени.

По социальному составу Естековы — это в основном потомки скотоводов и кочевников, которые при переходе к оседлости и получении фамилий в XIX — начале XX века записывались по родовому признаку. Фамилия не элитарная и не крестьянская в русском понимании, она отражает племенную структуру, а не сословную. Встречается она преимущественно в Западном Казахстане, Астраханской области и в степных районах Северного Кавказа, где исторически кочевали ногайцы.