Фамилия Ецкова — женская форма фамилии Ецков, и её происхождение, скорее всего, связано с личным именем или прозвищем, которое сегодня звучит необычно. Основа «Ецк-» восходит к краткой форме крестильного имени Евстафий или Ермолай. В русском языке такие имена в бытовой речи часто сокращали: Евстафий превращался в Евсташка, Естаня, а затем и в Ецка. То же самое происходило с именем Ермолай — через форму Ермошка к Ецка. Суффикс «-к-» в таких прозвищах был уменьшительно-ласкательным или просторечным, а окончание «-ов» (в мужском варианте Ецков) указывало на принадлежность: «сын Ецка».

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием. В Польше есть город Ецково (Jeżewo), а в Беларуси — деревня Ецковщина. Если предки носителя фамилии происходили из этих мест, фамилия могла образоваться по модели «выходец из Ецкова». Однако для русской ономастики такая топонимическая версия встречается реже, чем патронимическая (по имени отца).

Словообразовательный суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия сложилась в центральных и северных регионах России, а также на территории современной Украины и Беларуси. В южнорусских и украинских говорах чаще встречался суффикс «-енко» (Ецковы там бы стали Ецкенко). Таким образом, географически фамилия Ецкова тяготеет к полосе, где на фамилии влияла московская приказная традиция XVI–XVII веков.

В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её нераспространённости среди дворянства. Скорее всего, Ецковы были крестьянами или мещанами. В современной России фамилия встречается точечно, преимущественно в Ростовской области, Краснодарском крае и на юге Урала — это следы переселенческих потоков XIX–XX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ецкий, Ецких, Ец) показывает, что все они образованы от одной основы, но разными суффиксами. Ецкова — самая «стандартная» по русской модели, без региональных ухищрений вроде окончания «-их» или «-ский». Это типичная фамилия человека, чей предок носил простое бытовое имя Ецка, и ничего загадочного в её происхождении нет — она из тех, что рассказывают о семейной истории без прикрас, через повседневное имя родоначальника.