Фамилия Евгененкова — женская форма от Евгененков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Евгененок. В основе фамилии лежит редкая уменьшительная форма канонического имени Евгений. Если стандартные русские фамилии от этого имени — Евгеньев, Евгенов, то здесь работает другая модель: не отцовская (чей сын?), а прозвищная, с суффиксом -енок/-онок, который в русских фамилиях указывает на молодое существо или на младшего члена семьи: Евгененок — буквально «маленький Евгений» или «сын Евгения». Такая модель особенно характерна для северных и северо-западных говоров, где фамилии на -енков (Петренков, Иваненков) встречаются чаще, чем в центральной России. Со временем прозвище Евгененок закрепилось за потомками как родовое имя, а суффикс -ов добавил стандартное фамильное окончание, превратив Евгененок в Евгененков.

Само имя Евгений греческого происхождения, означает «благородный», «знатный». В крестьянской среде XIX века оно не было самым распространённым, поэтому фамилия Евгененкова — относительно редкая. Её носительница могла происходить из семьи, где имя Евгений давали в честь святого или по семейной традиции, а уменьшительная форма Евгененок указывала на то, что предок был младшим сыном или просто человеком небольшого роста, которого в округе называли «маленьким Евгением».

В написании фамилии обращает на себя внимание корень «Евген-» вместо более привычного «Евгень-». Это не ошибка, а отражение живого произношения: в разговорной речи мягкий знак часто выпадал, и имя звучало как «Евген». Такое написание фиксирует народную, диалектную форму, что делает фамилию Евгененкова ценным свидетельством того, как имя менялось в устной традиции. Географически фамилия тяготеет к регионам, где была распространена модель на -енков: это прежде всего бывшие Вологодская, Архангельская, Вятская губернии, а также некоторые районы Поволжья. Встретить Евгененкову сегодня можно в разных частях России, но особенно часто — в местах, откуда шло переселение северных крестьян, например, в Сибири и на Урале.