Фамилия Евстигней — редкий случай, когда в основе лежит полная, а не производная форма канонического имени. Обычно от полных имён образовывались фамилии духовенства (например, Афиногенов, Иерусалимский), но здесь, скорее всего, другая история. Имя Евстигней (от греческого «благо-родный», «добрый знак») в крестьянской и купеческой среде часто давали в честь святого Евстигнея Антиохийского, и в быту оно сокращалось до Евстигне́йка или Стигне́й. Фамилия же на -ев, а не на -ов, что указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный.

Главная особенность этой фамилии — её словообразовательная модель. Она не типична для русских фамилий, которые обычно берут суффикс -ов/-ев от имени отца в родительном падеже (чей сын? — Евстигнеев). Здесь же мы видим чистую основу именительного падежа — Евстигней. Это могло возникнуть двумя путями. Первый: фамилию дали не от отчества, а как прозвище по имени — «человек по имени Евстигней», и закрепили в документах без типичного суффикса. Второй: это результат усечения более полной формы типа Евстигнеев или Евстигнеевский, что встречалось у приказных людей или однодворцев.

Социальный контекст указывает на непривилегированное происхождение. В XVIII–XIX веках фамилии на чистое имя без суффикса (как Евстигней, Михей, Исай) фиксировались у крестьян Черноземья и Среднего Поволжья, особенно у старообрядцев, которые избегали «мирских» суффиксов. Географически фамилия Евстигней встречается в Курской, Орловской и Воронежской областях, что подтверждает её связь с земледельческим населением.

Учитывая, что имя Евстигней в святцах было не самым популярным (в отличие от Ивана или Петра), фамилия осталась локальной и малочисленной. В дореволюционных метрических книгах её носители записаны как крестьяне, реже — мещане. Никакого дворянского корня или известных исторических деятелей с такой фамилией не прослеживается — это чисто народная, «земляная» фамилия, которая сохранилась именно благодаря своей нестандартной форме.