Фамилия Эйсен образована от аналогичного прозвища, которое восходит к средневерхненемецкой основе īsen - "железо" или "железный". Скорее всего, прозвище Эйсен относится к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка: так могли прозвать рабочего-металлиста, кузнеца или торговца железными, скобяными изделиями. Кроме того, прозвище Эйсен могли дать человеку с твердым, волевым характером. Стоит отметить, что фамилия Эйсен также широко распространена у евреев.