Фамилия Фабиянская — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает личное имя. Перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск- (в женском роде -ская). Такие фамилии в польской и западнорусской традиции указывали на помещичье или шляхетское происхождение: человек, владевший имением или живший в местечке под названием Фабияны (Fabiany), получал прозвание Фабиянский.

Основа фамилии восходит к латинскому имени Фабиан (Fabianus) — родовому имени древнеримского патрицианского рода Фабиев. В христианской традиции это имя носил папа Римский Фабиан, почитаемый как священномученик. В польско-литовских землях имя Фабиан (Fabian) было довольно популярно, и от него образовались многочисленные топонимы: деревни Фабияны встречаются в современной Польше (Люблинское воеводство), Беларуси (Гродненская область) и на Украине (Волынская область). Таким образом, Фабиянская — это фамилия, указывающая на связь с конкретным местом, а не на прямое происхождение от человека по имени Фабиан.

Примечательно окончание -янская, а не -ановская. В польском языке суффикс -ан- (-an-) часто присоединялся к основе имени для образования прилагательного, а затем и топонима: Fabian → Fabiany («фабиановы» земли). Русская передача сохранила этот «польский след» в виде мягкого -ян-. Если бы фамилия возникла на великорусской почве от того же имени, мы бы скорее увидели вариант Фабиановская — но такого варианта практически нет. Это говорит о том, что корни фамилии лежат в западнорусских или польских землях, где католический культ святого Фабиана был распространён шире.

Носительницы фамилии Фабиянская — потомки либо мелкой шляхты, владевшей усадьбой, либо крестьян, приписанных к деревне Фабияны. В XIX веке после отмены крепостного права многие жители таких деревень получали фамилию по названию места жительства. Сейчас фамилия встречается редко и в основном в Польше, Западной Беларуси и среди эмигрантов. Её женская форма — Фабиянская — не указывает на пол основателя, а лишь грамматически оформлена по правилам русского языка: мужской вариант фамилии — Фабиянский.