Фамилия Фабян — редкий для России случай, когда славянская по форме фамилия восходит к латинскому имени. В её основе лежит личное имя Фабиан (лат. Fabianus), которое в римской традиции означало «принадлежащий роду Фабиев» или «из рода Фабиев». Это имя носил один из раннехристианских пап, святой Фабиан, что обеспечило ему популярность в католических странах. В русскую среду фамилия попала, скорее всего, через польское или украинское посредничество: в польском языке имя звучит как Fabian, а фамилия — Fabian или Fabjański. Форма Фабян — это русифицированный вариант, который мог записать при переписи населения.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для восточнославянских фамилий. Обычно русские фамилии на -ян (типа Арутюнян) — армянские, но Фабян — исключение. Суффикс -ян в данном случае не родовой патронимический, а результат адаптации польского окончания -ан или -ян. Если бы фамилия образовывалась по русской модели от имени Фабиан, мы бы получили Фабианов или Фабианский. Фабян же — это «стянутая» форма, где имя превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов, что характерно для западнославянских языков.

Географически фамилия Фабян встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, особенно в областях, граничащих с Польшей. В исторических документах XIX века такие фамилии фиксировались среди мещан и крестьян католического вероисповедания в Гродненской, Минской и Волынской губерниях. Это не дворянская фамилия: в «Списке дворянских родов» её нет, и носители были, скорее всего, людьми простого звания.

Интересная деталь: в польской традиции фамилия Fabian могла также быть прозвищной, от слова fabian — «лентяй» или «медлительный человек» (по одной из версий, от лат. faba — «боб», намекающего на «бобовую» неторопливость). Однако для фамилии Фабян это маловероятно: прямое имяобразование от святого — более надёжное объяснение. Таким образом, предки современного носителя фамилии Фабян — это, скорее всего, выходцы из западнорусских земель, чей предок носил имя Фабиан по церковному календарю.