Фамилия Фафанин — редкая и необычная по звучанию, что сразу наводит на мысль о её нестандартном происхождении. В русской ономастике она стоит особняком, и её разбор требует внимания к деталям.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Фафанин — это «сын Фафани» или «человек из рода Фафани». Основа — Фафаня. Это имя или прозвище, которое и является ключом к пониманию фамилии.

Скорее всего, Фафаня — это народная, уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от какого-либо крестильного имени. Самый вероятный кандидат — Афанасий. В русской простонародной среде имя Афанасий часто сокращали до Афоня, Фаня, а через чередование согласных и редукцию гласных могло возникнуть и Фафаня. Подобные «перевертыши» (Афанасий → Фафаня) встречаются в диалектной речи, где звуковой облик имени упрощается до неузнаваемости. Таким образом, Фафанин — это тот же Афанасьев, но в более архаичной, «домашней» форме.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, связывает фамилию с прозвищем. В некоторых русских говорах слово «фафаня» могло означать простака, разиню или нерасторопного человека. Это прозвище давали за медлительность или наивность. Если такая основа верна, то предок носителя фамилии получил уличное имя по своему характеру, которое со временем закрепилось за потомками.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России, где чаще встречались подобные «переделанные» формы имён. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного корня в конкретной деревне или волости.

Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Фафанины — это потомки простых людей, чьё прозвище или домашнее имя закрепилось в официальной записи при отмене крепостного права или при переписях населения.

В итоге, Фафанин — это фамилия-загадка, где за неблагозвучной для современного уха оболочкой скрывается либо искажённое церковное имя Афанасий, либо меткое прозвище. Первая версия выглядит убедительнее, так как объясняет и редкость, и звуковую аномалию.