Фамилия Фафурин образована от названия реки Фафура, которая протекает в селе Захарьино Вологодской области. Название Фафура носит и хутор Фафура в селе Шалго-Кемскогое Чарозерского (Белозерского) района Вологодской области. Согласно этому, можно предположить, что основатель рода Фафуриных когда-то жил на берегу реки Фафура или в селе с аналогичным названием. Менее вероятно, что в основе фамилии Фафурин лежит прозвище Фафура, которое восходит к украинскому слову «фафравiй» - «с неразборчивой мимикой или речью, гнусавый». В таком случае, такое прозвище указывает на особенности речи предка.