Фамилия Фахрулин — классический пример тюрко-татарской фамилии, образованной по русской словообразовательной модели. Её основа — арабское имя Фахрулла, что в переводе означает «гордость веры» или «слава Аллаха» (фахр — гордость, слава; улла — Аллах). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Фахрулин, то есть потомок или сын человека по имени Фахрулла.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у русских и тюркских народов Поволжья, суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён на гласный или мягкий согласный. Фахрулла заканчивается на -а, поэтому модель с -ин здесь естественна. Встречаются и варианты Фахруллин (с удвоенной -л-), что ближе к исходному арабскому написанию, но в русской передаче чаще закрепилась форма с одной «л».

Географически фамилия Фахрулин распространена прежде всего среди татар и башкир. Основные регионы бытования — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Ульяновская области. Встречается она и у представителей других тюркских народов, например, у казахов и узбеков, но там фамилия обычно оформляется иначе — без русского суффикса, как Фахруллаев или Фахрулла.

В дореволюционной России носители фамилии Фахрулин в основном относились к крестьянскому или мещанскому сословию. В метрических книгах и ревизских сказках её фиксировали в деревнях Казанской и Уфимской губерний. Судя по распространённости, предки Фахрулиных не были ни духовенством, ни знатью — скорее, это обычные земледельцы или ремесленники, взявшие фамилию по имени отца после введения обязательных фамилий в XIX веке.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её путают с Фахрутдиновым (от имени Фахрутдин — «гордость веры»), но это разные имена: Фахрулла и Фахрутдин. Первое — чисто теофорное (содержит «Аллах»), второе — с корнем «дин» (вера). Оба арабского происхождения, но в русской традиции они дали самостоятельные фамилии.