Фамилия Факушкин — один из тех редких случаев, когда основа настолько неочевидна, что требует разбора по частям. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Факушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Факушка. Суффикс -к- в прозвище — уменьшительный или уничижительный, как в «Ванька», «Серёжка». Значит, исходное имя или прозвище звучало как Факуша, а корень — Фак-.

Самый прямой путь к корню — через тюркские заимствования. В татарском и башкирском языках слово «фак» (или «факъ») означает «беда», «несчастье», «горе». Прозвище Факуша могли дать человеку, который пережил тяжёлую утрату, родился в неспокойное время или просто имел мрачный нрав. В русских говорах Поволжья и Приуралья такие прозвища не редкость: тюркская лексика легко входила в обиход из-за тесного соседства. Версия подкрепляется географией: фамилия Факушкин встречается в основном в Удмуртии, Татарстане и Кировской области — регионах, где веками жили рядом русские и тюркские народы.

Менее вероятная, но допустимая версия — от греческого имени Фока (в русской традиции — Фока, Фокей). В просторечии имя Фока могло превратиться в Фака, а затем в Факушу через диалектное аканье или под влиянием местного произношения. Однако греческая гипотеза слабее: имя Фока дало фамилии Фокин, Фокинский, а не Факушкин — переход звука «о» в «а» в безударном положении возможен, но суффикс -ушк- для имени Фока нехарактерен.

Сословно фамилия Факушкин, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована, а в ревизских сказках XIX века носители встречаются среди государственных крестьян Вятской губернии. Прозвище Факуша, ставшее фамилией, не несло положительной окраски — его могли дать «горемыке» или «бедолаге», но со временем оно утратило первоначальный смысл и стало просто родовым именем.

Для сравнения: однокоренные фамилии Факов, Факин, Факеев имеют ту же тюркскую основу, но образованы по разным моделям. Факушкин стоит особняком из-за редкого суффикса -ушк-, который встречается в фамилиях нечасто (ср. Дерюшкин, Костюшкин). Это делает фамилию ценной для ономастов — она сохраняет диалектную форму прозвища, почти исчезнувшую из живого языка.