Фамилия Фанасеева — редкий случай, когда народное произношение намертво закрепилось в официальной записи. Это вариант фамилии Афанасьева, образованной от крестильного имени Афанасий (греч. «бессмертный»). Разница только в произношении: в русских говорах начальное «а» под ударением нередко переходило в «о» (аканье наоборот — «оканье»), но здесь сработала другая особенность: упрощение группы «фан» вместо «афан». Коротко: предка звали Афанасий, а в быту его сына записали как Фанасеев.

Фамилия стоит в женской форме. Её носительница — потомок человека по фамилии Фанасеев. Такая модель образования через суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный: Фанасей, а не Фанас. В документах XVII–XVIII веков встречаются написания «Офанасьев», «Афанасьев» и «Фанасьев» — последнее как раз и дало начало ветви Фанасеевых. Переход «ф» в начало слова — не ошибка, а живой диалектный процесс, особенно распространённый в северных и сибирских говорах.

Географически фамилия Фанасеева встречается редко и имеет очаговый характер. Основные следы — в Тверской, Вологодской и Архангельской областях, а также в среде старообрядцев, где имя Афанасий было особенно популярно. В переписях XIX века такие формы чаще фиксировали у крестьян и мещан — у дворянских родов написание держалось книжного «Афанасьев».

С точки зрения словообразования фамилия Фанасеева стоит в одном ряду с однокоренными, но менее распространёнными вариантами: Фанасьев, Офанасьев, Афонькин, Фофанов. Если сравнивать с основным массивом Афанасьевых, фанасеевская ветвь — это свидетельство того, что в конкретной местности местный говор взял верх над официальной орфографией. Современным носителям фамилии это даёт редкую возможность проследить, как звучала речь их предков: они явно не «акали», а произносили имя твёрдо, через «о» в начале.