Фамилия Фанасьева — редкий случай, когда написание сильно расходится с произношением и скрывает за собой совсем другую фамилию. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Афанасьев, но лишена начальной гласной. Перед нами не самостоятельное прозвище, а фонетический вариант, записанный «на слух» в эпоху, когда грамотность была не поголовной.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Афанасий (греч. Athanasios — «бессмертный»). В живой речи имя часто произносили без начального «а»: «Фанасий», «Фанасей». В документах писарь мог зафиксировать это произношение буквально — как Фанасьев, а для женщины — Фанасьева. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын (или дочь) человека по имени Фанасий». Таким образом, первый носитель фамилии был потомком Афанасия, которого в быту звали сокращённо.

Интересно, что фамилия Фанасьева могла возникнуть и в результате обратного процесса — когда из-за особенностей местного говора (например, «аканья») писарь просто не расслышал начальный звук и записал фамилию без него. Такие «усечённые» варианты встречаются в северных и центральных губерниях России, где аканье было особенно сильным.

В отличие от Афанасьевых, которые известны с XV века среди бояр и дворян, фамилия Фанасьева почти не встречается в старых родословных книгах. Это говорит о её позднем, крестьянском или мещанском происхождении: она оформилась уже после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по именам отцов, нередко с искажениями на письме.

Сейчас фамилия Фанасьева остаётся малочисленной. Её носители живут в основном в центральной России и Поволжье. Поиск предков по этой фамилии требует внимания: в метрических книгах того же человека могли записать и как Афанасьев, и как Фанасьев — в зависимости от грамотности писаря и местного говора.