Фамилия Фандосю — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. Она явно украинского или белорусского происхождения, и её основа — не имя и не ремесло, а название села или местечка. На карте Украины есть несколько населённых пунктов с похожими названиями: Фандосово, Фандосовка, а также река Фандосовка в Черкасской области. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из одного из таких мест, и фамилия закрепилась за ним как «тот, кто из Фандосовки». Суффикс -ю в окончании указывает на южнорусский или украинский говор, где форма родительного падежа (из Фандосю) могла перейти в фамилию без изменений — это характерно для фамилий на -ю вроде Костю, Павлю.

Менее правдоподобная, но возможная версия — прозвище Фандос от греческого имени Фандо (Феодор) или от диалектного «фанда» (нечто болотистое, топкое). Однако вторая гипотеза слабая: ни в одном серьёзном ономастическом словаре, включая работы Б. Унбегауна, не зафиксировано такого прозвища или имени в славянской среде. Поэтому основная версия — топонимическая.

Фамилия Фандосю не имеет дворянских корней и не встречается в старых родословных книгах. Это поздняя фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая, возникшая в XIX веке, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по месту жительства. Географически она привязана к центральной Украине (Черкасская, Полтавская области) и соседним регионам Беларуси. В России встречается редко, в основном у потомков переселенцев с Украины.

Однокоренных фамилий немного: Фандосов, Фандосенко, Фандосюк. Все они образованы от той же топонимической основы, но с разными суффиксами. Фандосю — самая редкая и самая «местная» по звучанию.