Фамилия Фандюшкин — редкий случай, когда основа настолько тёмная, что приходится гадать по обломкам. На слух она кажется то ли польской, то ли южнорусской, но на деле всё сложнее.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Фандюшка. Это либо уменьшительная форма от крестильного имени, либо прозвище. В русских говорах слово «фандя» или «фанда» не зафиксировано в словарях, но в диалектах Псковской и Смоленской областей «фандить» означало «хитрить, лукавить, притворяться». Отсюда Фандя — хитрец, притворщик. Суффикс -юшк- характерен для ласкательных или пренебрежительных форм: Фандюшка — «маленький хитрец» или «хитрюга».

Вторая версия — через адаптацию западного имени. В польском языке есть имя Fandzioł (от венгерского Fándly) или уменьшительное Fandzio, которое на русской почве могло превратиться в Фандюшку. Такое могло попасть в Россию через униатов или переселенцев из Речи Посполитой в XVII–XVIII веках. Фамилия Фандюшкин встречается в основном в Тверской и Ярославской губерниях — там, где были старообрядческие общины, куда уходили люди с западных земель.

Третья, самая сомнительная гипотеза — от греческого «фанди» (φαντί) — «явление, свет». Но греческие фамилии обычно оканчиваются на -пулос, -идис, -оглу, и к русскому суффиксу -ин они не пристёгиваются. Эту версию всерьёз рассматривать не стоит.

Так что наиболее правдоподобно: Фандюшкин — потомок человека, которого в деревне прозвали Фандюшкой за хитрость или изворотливость. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, сформировалась не раньше XVII века, когда прозвища начали закрепляться в документах.