Фамилия Фаныгина — женская форма фамилии Фаныгин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «Фаныг-» не встречается в современных русских нарицательных словах, поэтому искать прямой смысл вроде «сын кузнеца» или «внук рыжего» не получится. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в ходе бытового произношения изменило свой первоначальный облик.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «фаныга» — так в некоторых русских говорах (особенно северных и уральских) называли человека невысокого роста, юркого или суетливого. Слово могло звучать иронично или даже пренебрежительно, но в качестве прозвища закреплялось за конкретным человеком. От прозвища Фаныга с помощью патронимического суффикса -ин образовали фамилию Фаныгин: буквально «чей?» — сын или потомок Фаныги. Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я, что полностью совпадает с моделью.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — искажение церковного имени. В крестьянской среде редкие или сложные для произношения имена (например, Феогност, Фануил или греческое Феофания) могли в быту сокращаться до «Фаня», а затем обрастать дополнительными суффиксами. Форма «Фаныга» могла возникнуть как ласкательно-уничижительный вариант от имени Фаня. В таком случае фамилия Фаныгин — отчество от разговорной формы канонического имени, что для русских фамилий явление обычное: ср. Саныгин (от Саня) или Ваныгин (от Ваня).

Географически фамилия Фаныгин редкая и встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Костромской областях, а также в Пермском крае. Это указывает на её севернорусское происхождение: именно в этих регионах хорошо сохранились диалектные слова и прозвищные фамилии, не попавшие в литературную норму.

Сословно Фаныгины, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Фамилия не дворянская — в родословных книгах она не фиксируется. Поэтому искать знаменитых носителей в истории бесполезно: это фамилия «простого» человека, чьё прозвище когда-то дали за характерную черту или уменьшительное имя.