Фамилия Фанагина — женская форма, а её мужской вариант — Фанагин. Эта фамилия редкая и звучит необычно для русского уха, хотя образована по абсолютно стандартной модели с суффиксом -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Фанагин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Фанага. Основа фамилии — прозвище Фанага, и вот здесь начинается самое интересное.

Вероятнее всего, прозвище Фанага связано с греческим словом «фанага» (φάναγα) или с тюркскими языками. В греческом языке «фанага» — это «фонарь», «светильник». В тюркских языках похожие корни могут означать «маяк», «светоч» или даже «факел». Прозвище Фанага могли дать человеку, который работал с освещением: например, фонарщику, сторожу маяка, или же тому, кто жил у заметного ориентира — у «фанаги» (вышки, башни с огнём). Также прозвище могло быть ироничным: так могли назвать лысого человека или того, кто «светится» умом или странной внешностью.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от имени собственного. В некоторых говорах «Фанага» могло быть народной формой редкого крестильного имени Фанасий (производное от греческого «фанос» — «светлый»). Однако эта гипотеза слабая, так как имя Фанасий встречается в святцах, но почти не бытовало в русской среде.

География фамилии Фанагина неширокая. По данным переписей и архивов, Фанагины встречаются в центральных областях России — в Тверской, Московской, Ярославской губерниях, а также на юге, в казачьих регионах. В казачьей среде фамилия могла закрепиться через прозвище, данное за службу на маяках или сигнальных постах. В любом случае, носительница фамилии Фанагина может считать, что её предки — люди, так или иначе связанные со светом: будь то ремесло, место жительства или яркая черта характера.