Фамилия Фанагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд, в ней слышится что-то греческое или восточное, но на деле это чисто русская фамилия, образованная по модели, характерной для северных и центральных областей России.

Корень здесь — «фанаг». Скорее всего, это искажённое или диалектное произношение слова «фонарь» или «фонарик». В русских говорах звук «о» в безударной позиции нередко переходил в «а» (аканье), а «рь» на конце могло отвердевать или заменяться на «г». Так «фонарь» в бытовой речи мог превратиться в «фанарь», а ласкательная или пренебрежительная форма — в «фанага». Тогда Фанагин — буквально «сын того, кого прозвали Фанагой», то есть человека, связанного с фонарями: либо фонарщика, который зажигал уличные светильники, либо торговца фонарями, либо просто человека с круглым, светлым лицом, которое сравнивали с фонарём.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: чей? — Фанагин. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. В данном случае исходное прозвище «Фанага» звучит как разговорное, даже чуть грубоватое, что характерно для прозвищ из ремесленной или крестьянской среды.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «фана» (смерть, гибель) или греческим «фанос» (свет, факел). Однако в русской ономастике такие заимствования редки и обычно оставляют следы в виде фамилий на «-ов», а не «-ин». Поэтому версия с фонарём выглядит гораздо убедительнее.

Географически фамилия Фанагин встречается единично, в основном в старых записях по Ярославской, Вологодской и Костромской губерниям. Это косвенно подтверждает севернорусское аканье и связь с бытовым ремеслом — в этих краях фонарное дело было распространено в городах и крупных сёлах.

Таким образом, предок современных Фанагиных — скорее всего, простой ремесленник, фонарщик или человек, получивший прозвище за сходство с фонарём. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её редкость говорит о том, что род был немногочисленным и не разветвлённым.